É tido como líder da Akatsuki, aparenta ser muito forte, pois tendo em vista que todos os outros membros, se referem a ele com respeito, com exceção de Hidan, devido a sua religião. Pein possui diversos piercings negros espalhados pela face e pelo corpo, porém a aparência real de Nagato é similar a de Orochimaru, mas fraca. Acredita ser um Deus, e durante os episódios se mostra com uma postura fria e tranqüila que não muda mesmo diante de qualquer inimigo.Líder da Akatsuki
Após a saída de Yamato, Sai, Haruno Sakura, Uzumaki Naruto, Hatake Kakashi, Hyuuga Hinata, Aburame Shino, Inuzuka Kiba com Akamaru, para procurar por Uchiha Itachi, Jiraiya volta ao gabinete de Senju Tsunade com novas informações sobre o paradeiro da líder da Akatsuki, Jiraiya então fala para Senju Tsunade que ele lhe contará tudo em uma mesa em um bar onde costumavam ir juntos. Jiraiya lhe diz que o líder da Akatsuki se encontra em Amegakure no Sato, que está em uma guerra civil e que o líder da Akatsuki é um líder de uma das facções. Jiraiya diz que se infiltrará em Amegakure no Sato para averiguar se a informação é verdadeira. Senju Tsunade fica seriamente preocupada e proíbe Jiraiya de ir sozinho, mas Jiraiya a convence. Jiraiya se despede de Senju Tsunade, que está muito desolada e extremamente preocupada, já que se um Shinobi (Ninja) é líder de uma organização como a Akatsuki ele com certeza é extremamente poderoso. Antes de Jiraiya partir ele dá um aviso à Senju Tsunade, que ela fique atenta com os membros da ANBU Ne.
Infiltração
Jiraiya consegue se infiltrar em Amegakure no Sato após sair da boca de um pequeno sapo, devido ao seu Jutsu Gama Daira kage Ayatsuri no Jutsu. Mas um membro da Akatsuki sente que alguém está obstruindo sua chuva, um intruso, Jiraiya. Jiraiya arma uma armadilha para capturar um habitante de Amegakure no Sato, ele invoca Gama Henge, um sapo que se transforma em uma casa, e ao dois habitantes de Amegakure no Sato adentrarem na falsa casa, e então Jiraiya se revela e Gama Henge retorna à sua forma de sapo e entra em um rio. Nesse mesmo momento o Akatsuki que detectou Jiraiya manda sua parceira ir atrás dele, Konan que utiliza seu Jutsu Origami Dai Bunretsu para se transformar em vários papéis e assim voar para averiguar a região.
Dentro do estômago do Gama Henge Jiraiya se utiliza de torturas um pouco diferentes, cócegas feitas com uma pluma, vendo que com esse método Jiraiya não conseguia obter nenhuma informação sobre Pein, o Akatsuki que o detectou e o provável líder da Akatsuki, Jiraiya recorre a outro método, transformá-los em sapos. Com o Ninpou - Kaeru no Jutsu transforma um deles em sapo e o outro rapidamente diz tudo o que sabe sobre Pein: Pein reside na mais alta torre do lado oeste de Amegakure no Sato, mas ninguém nunca o viu, todas suas ordens são dadas por meio de seus mensageiros. Ele fala também que Pein venceu a guerra civil que ocorria em Amegakure no Sato, e matou Hanzou, o antigo líder de Amegakure no Sato e aquele que nomeou Jiraiya, Tsunade e Orochimaru de Sannin, diz também que Pein matou qualquer ligação de Hanzou, apagando assim a sua existência, como uma punição divina, pois Pein se define como uma divindade.
Pein abre um aporta oculta que revela seis corpos de pessoas com mantos da Akatsuki. Como nenhum dos dois capturados de Jiraiya irá falar mais, Jiraiya manda Gama Henge para Konohagakure no Sato, e vai até uma parede e abre um portal que o leva a uma espécie de monte dos sapos onde invoca Gama Quii, uma espécie de sapo pergaminho, e coloca nele a chave para o Hakke no Fuuin Shiki também diz que se algo acontecer a ele Gama Quii deveria se confiar à Uzumaki Naruto.
Jiraiya usa seu Gama Daira kage Ayatsuri no Jutsu em um de seus capturados e assim andar despercebido, mas Konan percebe e o segue incógnita. Ela então comunica Pein que se trata de Jiraiya, Pein (com outro corpo) se refere à Jiraiya como Sensei (professor) e manda Konan atrás dele e se tivesse a oportunidade era para matá-lo. Konan ataca Jiraiya com seu Origami Shuriken no Jutsu e Jiraiya revida com seu Katon: Endan.
Revelações do Passado
Jiraiya e Konan parece se conhecerem de longa data, e o capturado de Jiraiya se refere à Konan como sendo o Anjo de Deus, Konan com seus origamis faz asas para si (por isso é chamada de Anjo de Deus) e ataca Jiraiya com seu Jutsu Origami Shuriken no Jutsu mas Jiraiya a inunda de óleo com seu Gama Yu Dan, inutilizando assim seus origamis, e depois a prende com seu cabelo usando o Rangi Shigami no Jutsu , Jiraiya então começa a lembrar da época da guerra entre Konohagakure no Sato e Amegakure no Sato:
Enquanto Tsunade, Orochimaru e Jiraiya estavam no final de uma batalha uma criança de Amegakure no Sato os aborda pedindo um pouco de biscoito, Jiraiya lhe dá um pacote, ao fazer isso para a criança chama dois amigos dizendo que aquele homem não é mau, Konan e Nagato. Tsunade já irritada manda-os embora mas a criança pergunta se eles são Shinobis (Ninjas) de Konohagakure no Sato e se eles poderiam ensinar Ninjutsus, Konan entrega à Jiraiya um origami de flor feita com a embalagem do biscoito, Orochimaru sugere matá-los e acabar com isso, mas Jiraiya diz que ficará para ensiná-los Ninjutsu.
Nagato é uma criança muito sensível, mas Yahiko (a criança que abordou os Sannin) diz que ele é muito marica e que ele tem que virar um homem, Jiraiya diz que no futuro as nações se entenderão e ficarão em paz e tudo ficará bem, mas Yahiko diz que isso é besteira, que para eles entenderem eles tem de sofrer como eles sofreram, Yahiko diz também que mudará tudo isso, ira proteger todo mundo.
Momentos após Konan adentra a sala gritando que Nagato e Yahiko estão em perigo, mas ao Jiraiya chegar ao local vê um Shinobi (Ninja) de Iwagakure no Sato morto no chão, Jiraiya então vê algo aterrador nos olhos de Nagato, o Rin’negan, o mais poderoso de todos os Doujutsus que no passado foi usado pelo fundador do mundo shinobi, o Eremita dos Seis Caminhos tido como um dos primeiros ninjas. Após isso Jiraiya decide ensinar Jutsus à eles ensinado-os a liberar o Chakra, após o treino Jiraiya vê Nagato chorando na varanda, Nagato diz que quando viu aquele homem machucando Yahiko ele se enfureceu e ficou fora de si, Jiraiya diz que não sabe se o que ele fez foi certo ou não, mas lhe diz que Yahiko só sobreviveu por causa disso, Nagato diz que tudo o que ele mais quer fazer é proteger seus amigos. Durante o treino os três atacam um Kage Bushin de Jiraiya, Yahiko com um Suiton: Mizu Rappa, Konan com um Kami Shuriken e Nagato com um poderosíssimo Fuuton: Reppushou e derruba o Kage Bushin de Jiraiya, após isso Jiraiya diz que seu treinamento acabou e que todos ele amadureceram muito, principalmente Nagato.
Jiraiya diz à Konan que após ir embora começou a ouvir os nomes dos três e que todos que se envolviam com eles acabavam mortos, Konan diz que Jiraiya não imagina o que eles passaram, mas Jiraiya diz que sabe que o que a Akatsuki está fazendo é errado, nesse momento surge Pein dizendo que essa á a opinião dele. Então Jiraiya pergunta o que aconteceu com os três e Pein diz que ele é somente um estrangeiro e deve morrer e manda Konan recuar.
Pein e Jiraiya
Pein começa a atacar Jiraiya, usa uma técnica de invocação (Kuchiyose no Jutsu): Kuchiyose • Dai Cani, onde ele invoca um crustáceo gigante que lança um Jutsu Suiton que lava todo o óleo de Jiraiya, mas Jiraiya usa seu Rangi Shigami no Jutsu para destruir a invocação e para prender Pein. Jiraiya pergunta à Pein o que aconteceu com Yahiko, Pein diz que esse cara morreu há muito tempo, Jiraiya pergunta o que aconteceu com ele, com Nagato, para se tornar o que é hoje. Pein diz que muitas morte o fizeram amadurecer, e que com a dor da morte até uma tola criança pode se tornar um homem, e Pein diz que nessa vida de dor ele continuou a amadurecer e se tornou um deus.
Pein revela seu objetivo em capturar todos os Bijuus, ele planeja criar um Kinjutsu que acabará com um país em um só ataque, dizendo que esse é o jeito mais rápido de acabar com os conflitos, dar armas para as nações se destruírem instantaneamente, dizendo que as pessoas, os países o mundo ira conhecer a DOR. Pein então usa outra invocação para se libertar (Kuchiyose • Camaleon Chimera), uma espécie de camaleão que pode ficar e tornar seu invocador invisíveis, com isso Jiraiya também invoca alguém para ajudá-lo, Gamaken, um sapo gigante que possui uma lança e um poderoso escudo. Jiraiya diz que não pode perder tempo com ataques fracos, e que irá para o Modo Eremita invocando os Gama Ni Dai Sennin, mas antes de fazer isso a invocação de Pein se torna, e à Pein invisíveis, vendo isso Jiraiya decide fazer uma barreira para detectar Pein, e Pein ao saber que será atacado recorre a uma invocação de ataque (Kuchiyose • Cerberus), um cão de várias cabeças que cada vez que Gamaken o ataca ele se multiplica, ele então se divide em vários cães e ataca Jiraiya, Pein troca novamente de invocação recorrendo agora a uma invocação de ataque aéreo (Kuchiyose • Pterodactylus), mas Gamaken defende o ataque com seu escudo, Jiraiya estranha o fato de Pein, um Shinobi (Ninja) que pode usar qualquer Ninjutsu, usar somente técnicas de invocação, nesse instante Pein recorre a mais uma invocação (Kuchiyose • Dai Taurus), um touro que acerta em cheio Gamaken e Jiraiya, jogando-os contra parede, mas algo joga a invocação longe. Jiraiya invoca os Gama Ni Dai Sennin e assim entra em sua forma absoluta, o Sennin Mode.
Fukasaku e Maw (os Gama Ni Dai Sennin) perguntam à Jiraiya onde estão os olhos com o Rin’negan, Jiraiya diz que ele está oculto devido a uma de suas invocações, Maw deduz que se trata de um camaleão, ela então utiliza sua língua para detectar Pein e aprisioná-la, Fukasaku usa um jato de óleo para rasgá-la ao meio, os Gama Ni Dai Sennin olham o Rin’negan e Jiraiya lhes diz que ele já foi um aluno seu, Maw e Fukasaku dizem então que Pein pode ser o criança da profecia, Jiraiya tem uma lembrança ao ouvir isso:
Jiraiya estava na Montanha Myoboku, Gama Bunta o chama dizendo que o Gama Dai Sennin quer vê-lo, e que parece que ele tem uma profecia para Jiraiya. Na sala do Gama Dai Sennin ele explica para Jiraiya o sonho que teve: No seu sonho ele viu que Jiraiya, mesmo sendo pervertido, se tornará um Shinobi (Ninja) muito poderoso, e que quando crescido terá um discípulo que trará uma revolução para o mundo Shinobi (Ninja), ou ele trará uma paz nunca antes vista, ou trará a ruína do mundo. Jiraiya escontrará essa criança quando estiver em uma jornada, escrevendo um livro.
Pein agora invoca duas pessoas com mantos da Akatsuki, e surpreendentemente eles também possuem o Rin’negan. Jiraiya vendo que a batalha ficou mais perigosa resolve usar seus Senjutsus. Pein então lança um ataque frontal à Jiraiya, com um poderoso chute mas Jiraiya, com seu Sennin Mode, bloqueia o chute com seu braço, Jiraiya dizendo que vai acabar com eles usa o seu Senpou - Goemon, mas um dos Pein absorve todo o óleo de Jiraiya, tendo isso acontecido Jiraiya o ataca com seu Chou Oodama Rasengan, mas ele absorveu todo o Chakra, nisso o outro Pein tenta atacar Jiraiya, mas Fukasaku usa uma Kemuridama para cegar o Pein, mas ele mesmo cego temporariamente bloqueia de costas o ataque de Jiraiya, Jiraiya então usa seu ataque mais abrangente o Senpou – Kebari Senbon, mas Pein bloqueia o ataque usando uma invocação (Kuchiyose • Panda). Fukasaku diz à Jiraiya que toda vez que ele atacam o ponto cego de um Pein ele consegue bloquer, e sempre há outro Pein olhando de outro ângulo, ma sJiraiya diz que eles não fizeram nenhum tipo de comunicação. Jiraiya precisando pensar em uma estratégia faz uma retirada, mas Pein já sabe aonde ele está, Fukasaku diz à Jiraiya que os Pein devem compartilhar o mesmo campo de visão, ou seja, é como estar sentado em uma sala de monitoramente olhando a três câmeras com ângulos diferentes, Jiraiya diz que a estratégia é separá-los, e Genjutsu é o único Jutsu que funcionará com Pein. Fukasaku e Maw decidem então fazer seu Genjutsu Prisão das Almas, mas como ele exige muita concentração e preparo, Jiraiya teve de preparar uma estratégia: como um dos Pein só usa Jutsu de absorção Jiraiya o cega com o fogo de um Jutsu Katon, como um está com os olhos fechados, só sobra o outro e Jiraiya os pega com o Yomi Numa e com seu Sennin Ryuu. O Genjutsu Prisão das Almas é ativado e prende os três Pein, com eles preso no Genjutsu Jiraiya os mata com uma espada invocada. Mas Jiraiya distraído é atacado por um quarto Pein e acaba perdendo um dos braços, agora Pein possui seis (6) corpos, incluindo os três mortos, que segundo Fukasaku devem ter sidos ressuscitados por um outro Pein com um Jutsu Médico.
Jiraiya reconhece um dos rostos de Pein, é Yahiko, nesse instante Jiraiya percebe que nenhuma das faces é a de Nagato, e fica muito confuso, Jiraiya pergunta se aquela pessoa é Yahiko, mas esse o responde dizendo que todos são Pein, que todos são deus. Jiraiya é ferido por uma estranha lança de um dos Pein, e ao olhar para face dele Jiraiya o reconhece, é um Shinobi (Ninja) do Clã Fuuma com que já lutara, e diz que deve ir lá e enfrentar todos os Pein e que Fukasaku e Maw devem ir embora, e que eles devem levar um dos corpos de Pein, que está morto (o do Clã Fuuma), para Konohagakure no Sato. Maw vai embora e leva o corpo, Jiraiya e Fukasaku começam a atacar os cinco Pein restantes, e então Jiraiya reconhece a face de todos eles, são todos Shinobis (Ninjas) com quem Jiraiya cruzou em sua jornada, Jiraiya então descobre a verdadeira identidade de Pein, mas nessa hora é atacado por todos eles e fica mortalmente ferido e desmaia, mas lembrando de Uzumaki Naruto e do seu Nindou (Caminho Ninja), que é de nunca desistir, ele consegue recobrar a consciência e num último lampejo de vida Jiraiya escreve com Chakra nas costas de Fukasaku um código e o manda até Konohagakure no Sato, Pein mata definitivamente Jiraiya e joga seu corpo no mar, e seu pensamento antes de morrer é que a criança da profecia não era Nagato e sim Uzumaki Naruto
Nova Era, O outro Líder
Deidara lutou com Uchiha Sasuke, onde Deidara se matou, Pein após receber o aviso da morte do mesmo, disse aos outros membros que estaria de luto e se retira, como se estivesse à espera de algo. É chamado por Konan para conversar com uma figura misteriosa. Essa figura misteriosa se revela, é Tobi, que surpreendeu, pois todos pensavam que havia morrido na explosão na qual Deidara provocou para matar Uchiha Sasuke. Tobi ordena à Pein que capture o Jinchuuriki da Kyuubi, Uzumaki Naruto, pessoalmente.
Konan, Pein, e Uchiha Madara/Tobi estão em uma reunião da Akatsuki, onde será decidido as próximas ações da mesma. Onde Pein rearfima que irá capaturar a Kyuubi de Uzumaki Naruto, antes que Konohagakure no Sato decifre a mensagem deixada por Jiraiya. E nesse mesmo capítulo é mostrado um corpo inédito de Pein, que substitue o Círculo das Bestas.
Invasão
Pein e Konan iniciam sua invasão à Konohagakure no Sato, eles atacam um grupo de Shinobis (Ninjas) que estavam alojados perto de uma das extremidades da muralha que cerca Konohagakure no Sato.
Pein diz que eles se separarão em dois, um fará o reconhecimento e o outro fará a distração, o grupo que fará o reconhecimento é o Círculo de Deus, Círculo dos Homens e o Círculo do Inferno, no grupo que fará a distração estão o Círculo dos Demônios, Círculo das Bestas e o Círculo dos Fantasmas Famintos, quanto à Konan, ela ficará no grupo de reconhecimento. Um dos Pein diz que há uma barreira que envolve toda Konohagakure no Sato, inclusive por debaixo da terra, Konan diz que qualquer um ao encostar-se a essa barreira será imediatamente detectado, Pein diz que eles continuaram com o plano de lançar o Círculo das Bestas por cima da barreira, pois assim será detectada somente uma pessoa, e quando o Círculo das Bestas chegar ao solo invocará os outros. Assim feito iniciam a devastação de Konohagakure no Sato, onde reforços são pedidos para auxiliar o time da barreira, e todos os Shinobis (Ninjas) estão apavorados.
Umino Iruka estava para socorrer um Jounin de Konohagakure no Sato, quando Pein Círculo de Deus surge e exige que Umino Iruka dê a localização de Uzumaki Naruto, Umino Iruka olha atônito aquela figura e diz que nunca dirá a localização de Uzumaki Naruto, Pein Círculo de Deus se prepara para matá-lo, mas Hatake Kakashi o impede, e manda Umino Iruka recuar com o Shinobi (Ninja) que iria ajudar.
Hatake Kakashi diz para Pein Círculo de Deus que deve ser ele quem causou toda essa confusão para poder destruir Konohagakure no Sato e ao mesmo tempo obter informações. Pein Círculo de Deus ataca Hatake Kakashi com um chute, que desvia e utiliza o Doton: Doryuuheki, mas Pein Círculo de Deus contra-ataca com uma Katana estranha, Hatake Kakashi ferido no ombro, segura a lâmina em seu ombro e prepara para desferir o Raikiri no rosto de Pein Círculo de Deus, mas algo sai estranha e Hatake Kakashi acaba por errar o golpe. Pein Círculo de Deus de alguma maneira reconhece Hatake Kakashi, cumprimentando-o como sendo o Shinobi (Ninja) Copiador da Folha e pergunta novamente onde está a Kyuubi, e ataca Hatake Kakashi.
Hatake Kakashi fica espantado com o poder da técnica utilizada por ‘‘Pein Círculo de Deus’’, já que a área próxima foi completamente desvastada e o ataque não pareceu ser uma onda física, Hatake Kakashi decide então contra-atacar com um Jutsu Raiton, mas o ataque ao chegar perto de ‘‘Pein Círculo de Deus’’ é completamente dissipado, nesse momento surge mais um dos seis corpos de Pein, ‘‘Pein Círculo Demoníaco’’. Hatake Kakashi começa então a lutar com ‘‘Pein Círculo Demoníaco’’, que consegue desviar facilmente dos seus ataques, Hatake Kakashi então lembra das palavras de Fukasaku: Seus olhos lhes permitem compartilhar o mesmo campo de visão. Para poder lutar contra Pein é necessário levá-lo para um combate um-a-um. Cada corpo pode utilizar somente um tipo de poder, você deve descobrir qual o poder do corpo de Pein com o qual você está lutando.
Nesse momento ‘‘Pein Círculo Demoníaco’’ retira seu manto da Akatsuki e revela possuir três faces (rostos) em sua cabeça, seis braços, três agrupados de cada lado do tronco, e também revela possuir uma espécie de cauda, que serve como uma serra. ‘‘Pein Círculo de Deus’’ começa então a executar uma espécie de raio-trator para tracionar Hatake Kakashi até a cauda de ‘‘Pein Círculo Demoníaco’’, que nesse momento descobre qual o verdadeiro poder de ‘‘Pein Círculo de Deus’’. Hatake Kakashi consegue se segurar utilizando uma corrente, mas logo acaba por soltar a corrente sendo crivado pela cauda de ‘‘Pein Círculo Demoníaco’’. Porém o corpo de Hatake Kakashi atingido não passava de um Raiton Kage Bushin no Jutsu, nesse momento dois membros do Clã Akimichi surgem e esmagam ‘‘Pein Círculo Demoníaco’’, porém ‘‘Pein Círculo de Deus’’ consegue escapar.
Enquanto isso os outros corpos de Pein estão buscando a localização do Jinchuuriki da Kyuubi, Uzumaki Naruto, enquanto aproveitam para causar grandes danos à Konohagakure no Sato: Pein Círculo dos Fantasmas Famintos está causando dificuldades aos Shinobis (Ninjas) de Konohagakure no Sato com suas habilidades de absorção, Pein Círculo do Inferno está tentando obter informações com seus Genjutsu's.
Hatake Kakashi conta agora com um time de apoio de cinco Shinobis (Ninjas), onde dois deles são Akimichi Chouji e Akimichi Choumaru. ‘‘Pein Círculo de Deus’’ percebe que o alvo acertado tratava-se de um Bunshin, Akimichi Chomaru pergunta para Hatake Kakashi se ele ainda possui Chakra para lutar, Hatake Kakashi responde que com seu Raiton Kage Bushin no Jutsu ele já gastara metade de seu Chakra, porém diz também que já descobrirá o poder de ‘‘Pein Círculo de Deus’’, que por sua vez inicia um ataque e utiliza seu Shindra Tensei para ficar imune aos ataques, Akimichi Chomaru fica perplexo ao ver que nenhum ataque sequer chegou perto de ‘‘Pein Círculo de Deus’’, [[Hatake Kakashi então lhe explica que ‘‘Pein Círculo de Deus’’ pode controlar a gravidade e as forças de atração de outros objetos, e assim pode puxar e empurrar qualquer coisa.
Hatake Kakashi diz que ‘‘Pein Círculo de Deus’’ não consegue utilizar essa técnica sucessivamente, deixando assim um pequeno intervalo de tempo para poderem atacar. Hatake Kakashi utiliza o Doton - Dochuu Eigyo para distrair ‘‘Pein Círculo de Deus’’, para que assim Akimichi Chouji e Akimichi Chomaru pudessem utilizar seus Nikudan Sensha, porém, ‘‘Pein Círculo de Deus’’ consegue facilmente parar o ataque dos membros do Clã Akimichi, mas Hatake Kakashi contava com isso e aprisiona ‘‘Pein Círculo de Deus’’ com correntes que ele havia enterrado sob ele com o Doton - Dochuu Eigyo. Quando Hatake Kakashi iria matar ‘‘Pein Círculo de Deus’’ com seu Raikiri, ‘‘Pein Círculo Demoníaco’’, em um último suspiro de vida, interpõe-se entre os dois e recebe o ataque fatal.
‘‘Pein Círculo de Deus’’ utiliza seu Shindra Tensei em poder máximo, e com isso conseguiu derrotar todos os Shinobis (Ninjas) de Konohagakure no Sato, onde somente Hatake Kakashi está consciente, mas também está totalmente preso nos escombros. Com Hatake Kakashi totalmente imóvel, ‘‘Pein Círculo de Deus’’ fica a uma distância segura e com seu Shindra Tensei levita um prego e o direciona à cabeça de Hatake Kakashi. Hatake Kakashi ativa seu Mangekyou Sharingan para que pudesse utilizar seu Jutsu Kamui para desintegrar o prego antes que o mesmo o atingisse, após escapar da morte Hatake Kakashi chama a atenção de Akimichi Chouji para que esse parasse de chorar pela morte de seu pai, Akimichi Chomaru, pois ele ainda tem uma missão, a de avisar a Godaime Hokage, Senju Tsunade, sobre os poderes de ‘‘Pein Círculo de Deus’’, afinal ele não deveria deixar que o sacrifício de seu pai fosse em vão. Quando Akimichi Chouji começa a correr na direção do gabinete de Senju Tsunade, ‘‘Pein Círculo Demoníaco’’, totalmente retalhado e esmagado, lança uma espécie de projétil na direção de Akimichi Chouji, Hatake Kakashi observa o que está acontecendo e toma uma drástica decisão: ele deveria ativar seu Mangekyou Sharingan para que pudesse utilizar seu Jutsu Kamui uma última vez, pois com sua quantidade mínima de Chakra e Stamina ele morreria ao utilizar o Kamui, e assim Hatake Kakashi acaba por perecer.
Enquanto isso Pein Círculo das Bestas, juntamente com Pein Círculo dos Homens, iniciam uma ataque ao Departamento de Inteligência de Konohagakure no Sato. Os ANBUs tentam contê-los, mas Pein Círculo das Bestas utiliza seu Kuchiyose • Cerberus para escapar do aprisionamento, e em seguida utiliza o Kuchiyose • Rinoceronte para adentar no recinto onde está captando algo, e então percebe que o sinal que estava recebendo era do piercing que estava com Shizune. Yamanaka Inoichi reconhece Pein Círculo das Bestas, era o corpo morto que estava na mente do Shinobi (Ninja) da Vila Oculta da Chuva, isso lhe traz muita preocupação, pois na mente do ninja era apenas um corpo morto, e segundo Fukasaku o corpo que utilizava somente Técnicas de Invocação era o que ele havia trazido morto, e que estava na autopsia. Morino Ibiki diz que Yamanaka Inoichi deve ir para um lugar seguro juntamente com Shizune, onde os dois deveriam dividr as informações que possuem sobre Pein, para assim descobrir o que está havendo; e enquanto isso ele e o esquadrão ANBU iriam cuidar dos dois corpos de Pein.
Pein Círculo do Inferno utiliza sua técnica para interrogar dois Shinobis (Ninjas) de Konohagakure no Sato, onde essa técnica consiste em uma grande face (com os olhos tendo a aparêcia do Rin'negan) que surge atrás de Pein Círculo do Inferno e então algo semelhante a alma dos dois ninjas é sugado, porém tudo isso só é presenciado por Pein Círculo do Inferno e aqueles que recebem o golpe, aqueles assitindo a luta não podem exergar nada do que está acontecendo. Durante o interrogatório de Pein Círculo do Inferno, Sarutobi Konohamaru assisti a tudo sem entender nada, e tenta fugir quando percebe que os dois ninjas estão mortos, mas acaba sendo percebido por Pein Círculo do Inferno. Então surge Ebisu, que aparece para vingar a morte de seus companheiros ninjas, e para criar uma distração onde Sarutobi Konohamaru poderia fugir sem se machucar. Ebisu agora está sendo interrogado por Pein Círculo do Inferno que pergunta onde está Uzumaki Naruto, mas ele diz que não irá delatar um verdadeiro cidadão de Konohagakure no Sato. Sarutobi Konohamaru vendo que a vida de seu mestre, Ebisu, está em perigo resolve iniciar uma luta contra Pein Círculo do Inferno.
Pein Círculo dos Fantasmas Famintos entra no necrotério pois está captando um sinal de Chakra, mas acaba por perceber que são os piercings de um corpo morto dos vários corpos que compõe Pein. Ele então é supreendido por uma Bomba de Luz e é atacado por um membro do Clã Inuzuka, Inuzuka Tsume e Inuzuka Kiba e seus respectivos companheiros caninos. Pein Círculo de Deus se dirige para o local onde se encontra Senju Tsunade, a Godaime Hokage de Konohagakure no Sato, Senju Tsunade então reconhece a face de Pein Círculo de Deus, é Yahiko.
Sarutobi Konohamaru inicia uma luta corpo-a-corpo com Pein Círculo do Inferno, porém Sarutobi Konohamaru acaba encurralado em uma parede e Pein Círculo do Inferno a agarra no pescoço e inicia seu Jutsu perguntando onde se encontra Uzumaki Naruto, porém quando Sarutobi Konohamaru responde que não sabe o Jutsu de Pein Círculo do Inferno acaba sugando sua "alma", mas na verdade Sarutobi Konohamaru revela não passar de um Kage Bunshin. Porém no meio tempo em que esteve preso Sarutobi Konohamaru lembra de um momento onde Uzumaki Naruto lhe ensina um Jutsu Rank A que compreende Rotação, Força e Compresão, e em sua luta contra Pein Círculo do Inferno ele utiliza a técnica ensinada por Uzumaki Naruto, o Rasengan, conseguindo acertar com todo poder Pein Círculo do Inferno.
Pein Círculo de Deus pergunta para Senju Tsunade, a Godaime Hokage, onde se encontra Uzumaki Naruto, ele também diz que não há por que evitar a captura da Kyuubi no Youko, pois a guerra será inevitável e que o equilíbrio entre vilas está afetado. Pein Círculo de Deus diz que se Senju Tsunade entregar Uzumaki Naruto ela será poupada, Senju Tsunade diz que por mais que as ações de Konohagakure no Sato não sejam sempre corretas, o que a Akatsuki está fazendo é muito pior. Senju Tsunade diz que se ele acha que poderá capturar Uzumaki Naruto está enganado, "Uzumaki Naruto é forte". Enquanto isso no Departamento de Criptografia de Konohagakure no Sato Shizune, Yamanaka Inoichi e Yamanaka Ino tentam entender a questão dos corpos de Pein, é então que chegam a uma conclusão: Todos os seis corpos de Pein estão mortos, e que Pein possui o poder da ressureição, e que alguém os controla utilizando os receptores de Chakra (piercings) implantados, ou seja o verdadeiro Pein não está entre os seis, e tomando com base as habilidades de controle de mentes do Clã Yamanaka deduzem que o verdadeiro está escondido em Konohagakure no Sato.
Mas quando Shizune iria avisar Senju Tsunade sobre a descoberta, o grupo é atacado por Pein Círculo dos Homens que rende Shizune e utiliza seu Jutsu de leitura de mentes, e com ele descobre em poucos segundos a localização de Uzumaki Naruto, a Montanha Myoboku, e transmite essa informação para Pein Círculo de Deus. Após descobrir a localização de seu alvo, Pein Círculo de Deus decide que deve deixar a Vila Oculta da Folha, os ANBUs que acompanham Senju Tsunade dizem que é melhor deixá-lo pratir para que assim eles possam se fotalecer, Pein Círculo de Deus também diz que eles devem ter descoberto sobre como funciona sua técnica, Shinra Tensei, mas de nada adiantará pois eles estão lidando com uma força superior, e que pretende mostar isso aos Cinco Grandes Países Ninja, pois é somente através da dor que se dá valor à paz, dito isso ele retira-se do local. Pein Círculo dos Homens após descobrir a localização do alvo mata Shizune com sua técnica, e como todos os outros corpos de Pein também se retira da batalha. Pein Círculo de Deus decide utilizar seu Jutsu, Shinra Tensei, em força total, porém Konan fica preocupada pois essa técnica afeta o tempo de vida dos corpos de Pein. Pein então utiliza o Shinra Tensei em força total, causando a completa destruição da Vila Oculta da Folha.
Pein então percebe que Uzumaki Naruto está agora presente no campo de batalha, juntamente com Gama Bunta, Fukasaku, Gama Kichi, Gama no Katana, Gamaken e Shima. Pein Círculo do Inferno utiliza sua técnica para trazer de volta a vida Pein Círculo dos Demônios, e Pein Círculo das Bestas invoca os outros corpos de Pein dentro da Vila Oculta da Folha, Senju tsunade após ver a destruição da vila se enraivesse e tenta atacar Pein Círculo de Deus, porém Pein Círculo dos Demônios parte para atacar Senju Tsunade, porém é destruido pelo Rasengan de Uzumaki Naruto. Ele pede para que Gama Kichi leve Tsunade a um local seguro, ela então lhe entrega uma parte de Katsuyu para lhe informar sobre os poderes de cada Pein. Naruto aproveita o momento e pergunta sobre Kakashi já que não consegue sentir seu chakra, porém Tsunade não responde. Pein Círculo das Bestas faz 3 invocações, mas elas são paradas e destruídas por Naruto e os sapos invocados. Naruto parte para atacar Pein Círculo dos Fantasmas Famintos e Katsuyu lhe avisa que esse corpo é capaz de absorver qualquer Nijutsu, ele então usa o Kawasu Kumite para aplicar um soco em cheio em seu rosto deixando-o fora de ação. Naruto então decide usar seu novo jutsu contra os corpos de Pein que na verdade é a versão completa do Fuuton: Rasenshuriken que ele desenvolveu enquanto estava na Montanha Myoboku, agora que o jutsu está completo ele consegue lançá-lo ao invés de ter de acertá-lo como um Rasengan normal. Com isso ele tenta atingir todos os corpos de Pein, porém apenas destrói Pein Círculo dos Homens já que Pein Círculo das Bestas consegue se proteger e os outros dois corpos conseguem evitar o ataque. Naruto decide que deve destruir o corpo que faz as invocações e com a ajuda de Gama Bunta consegue eliminá-lo com um Rasengan duplo, porém os últimos ataques consomem toda a energia natural reunida por Naruto que instantaneamente volta ao normal. Aproveitando a chance Pein Círculo de Deus ataca Naruto, porém este havia deixado 2 Kage Bunshins coletando energia natural na Montanha Myoboku, e Fukasaku invoca um deles usando o pergaminho que Naruto havia trazido para a batalha por meio do Bahagran no Jutsu. Naruto desfaz o clone e assim que a energia natural é transferida para seu corpo ele volta ao Modo Sennin e lança um Fuuton: Rasenshuriken em Pein Círculo de Deus, porém este é absorvido por Pein Círculo dos Fantasmas Famintos que havia voltado a vida por meio do jutsu de ressurreição de Pein Círculo do Inferno. Naruto percebe que deve destruir o corpo que ressuscita os outros primeiro e para isso finge lançar outro Fuuton: Rasenshuriken, porém se tratava do verdadeiro Naruto e quando Pein Círculo dos Fantasmas Famintos tenta absorver o jutsu ele se revela e o derruba no chão, com o corpo que absorve jutsus ocupado Naruto lança mais um Fuuton: Rasenshuriken em Pein Círculo de Deus, porém o ataque é desfeito pelo Shinra Tensei, enquanto isso outro clone destrói Pein Círculo do Inferno usando o Rasenrengan. Naruto (clone) então se volta a Pein Círculo de Deus, este percebe que o clone já havia se escondido na fumaça e se preparou para atacar, quando o verdadeiro Naruto ia matar Pein Círculo dos Fantasmas Famintos, Pein admite que ele esta ficando dificil de derrotar em sua mente e usa seu Shinra Tensei para jogar os dois Narutos longe (destruido o clone) do Círculo dos Fantasmas Famintos, logo após isso Gama Bunta, Hiro e Gamaken atacam Pein Círculo de Deus, que se desvia com seu outro corpo facilmente. Naruto se pergunta que jutsu foi esse e Katsuyu explica que esse é o poder principal dos Pein, ela explica a Naruto que foi o poder de Pein Círculo de Deus que destruiu a vila, mas ela diz que a única probabilidade deste Pein não ter usado o jutsu foi que parece que quanto mais forte ele usa o jutsu mais tempo demora para ele usar de novo, Naruto então entende que foi por isso que ele não usou o jutsu no começo da batalha e fica sem saída pois não pode usar ninjutsus ou taijutsus, mas Katsuyu notifica que de acordo com Akimichi Chouji a um intervalo de 5 segundos para Pein Círculo de Deus usar seu poder de novo e diz que é nesse meio tempo que ele deve acerta-lo.
Naruto acha o tempo muito curto para atacar e Fusakasu diz que o unico jeito de pega-lo é utilizando genjutsus, mas Naruto fica preocupado, pois não sabe usar genjutsu, Fusakasu diz que ele e Shima iram usar e durante a conversa Pein Círculo de Deus utiliza novamente seu Shinra Tensei e joga Gama Bunta, Gama no Katana(Hiro) e Gamaken muito longe e as quedas os deixando insconciente deixando Naruto nervoso e preocupado com os três. Fusakasu diz que para utilizar o Genjutsu ele e Shima teram de que acumular uma alta quantidade de Chakra Sennin ou seja demorara um pouco até eles poderem utilizar o jutsu, Naruto diz que ele tentara utilizar o intervalo de 5 segundo do Shinra Tensei de Pein Círculo de Deus e diz para eles utilizarem o genjutsu assim que puderem, mas Fusakasu adverte que ele só possui mais um clone para focar chakra Sennin e só tera mais cinco minutos para vencer de vez Pein, Shima fala que foi brilhante a ideia de deixar clones absorvendo energia natural, mas pergunta porque Naruto não fez mais. Fusakasu explica que uma pessoa não pode olhar para esquerda e direita ao mesmo tempo, pois juntar energia natural é dificil e Naruto só conseguiu fazer dois. Naruto também diz que só consegue manter três clones lutando com ele e se fizer mais um acaba interfirindo a acumulação de chakra sennin fazendo Shima compreender e dizer para eles acabarem logo com isso. Pein Círculo de Deus e Pein Círculo dos Fantasmas Famintos olham os quatro corpos destruidos e Pein Círculo de Deus admite que Naruto foi o unico que deu mais trabalho para os Pein por ser realmente muito forte, ele decide lutar a sério e terminar de vez com a luta e usa o Basho Tein e atrai Naruto que é acertado e capturado por Pein Círculo dos Fantasmas Famintos, Fusakasu (pensando) pede desculpa pela demora e pede que Naruto aguente um pouco mais, Pein Círculo de Deus diz que não matara Naruto por ele ser o mais valioso Jinchuuriki e por ter o privilégio de ser um novo hospedeiro de Pein. Naruto não se intimida com a ameaça e diz que não deve substima-lo, mas quando ele ia atacar o Círculo dos Fantasmas Famintos começa a sugar o chakra Sennin de Naruto e este ao perceber acaba sendo tarde demais e o Sennin Mode acaba o deixando fraco. Pein, diz que a Kyuubi foi capturada.
Naruto continua resistindo, mas Pein Círculo de Deus fala para ele desistir, Naruto olha para o lado e percebe que Shima e Fukasaku estão quase terminando e tem uma ideia, aproveitando que esta imobilizado começa a absorver muito chakra sennin, após isso o Pein Círculo dos Fantasmas Famintos que estava absorvendo a energia de Naruto começa a se transformar em sapo, então Naruto exclama "A energia natural não é tão fácil de controlar", este Pein então se transforma em sapo por completo, após isso vira pedra, e Naruto facilmente se livra dele quebrando seus braços, Pein fica surpreso por isso e Fukasaku percebe que como o Círculo dos Fantasmas Famintos não conseguiu dominar todo o chakra acabou no estado que esta. Naruto diz que sobrou apenas um Pein, mas este diz que não é o unico, Naruto não entende e Katsuyu explica que os Peins são controlados por alguém que esta escondido em algum lugar. Fukasaku e sua esposa finalmente conseguem acumular energia natural suficiente e tentam atacar o Pein Círculo de Deus com o Genjutsu Eremita, este percebe e usa o Basho Te'in que faz Fukasaku ir ao encontro de Pein que aponta sua lamina negra em direção do sapo, Naruto tenta impedir, mas acaba sendo tarde. Pein afirma já ter visto esse golpe antes e transpassa o pequeno sapo com uma espada, Naruto explode de ira e Shima olha seu marido morto e fica horrorizada, Naruto tenta acertar Pein com um soco, mas este joga o corpo de Fukasaku em direção de Naruto e este se desequilibra. Rapidamente Pein usa o Basho Te'in e atrai Naruto a sua mão fazendo o corpo de Fukasaku cair no chão e Shima começa a chorar de perda e ódio. Após isso Pein esgana Naruto e o joga no chão, após isso perfura a mão do jinchuuriki com a lamina negra e transpassar as mãos do mesmo no chão com a mesma arma fazendo Naruto ficar exausto temporariamente. Naruto grita de furia e pergunta porque Pein esta fazendo isso, este diz que quando seu plano estiver concretizado tudo ira se esclarecer, Naruto continua sem entender, Pein então diz que tem algo a contar a ele.
Nagato se mostra
Pein explica que seu objetivo é fazer algo que nem mesmo seu sensei Jiraiya pode fazer, é usar a Justiça para se ter a Paz. Naruto então diz que ele só pode estar brincando com isso e começa a gritar falando que mesmo depois de tudo que Pein fez com Konoha e com os seus amigos ele ainda fale em paz. Pein entrão olha Naruto e pergunta oque ele quer, Naruto então griata que ira matar Pein trazer a paz ao mundo dos ninjas, Pein se sente admirado ao ouvir isso, mas também fala que sofreu do mesmo jeito que Naruto, pois sua vila, seus amigos e sua família também foram destruidos.
Pein então pegunta a Naruto se somente os ninjas de Konohagakure no Sato tem direito de falar em paz e justiça, Naruto não entende oque Pein quer dizer, este então explica que com o aumento dos países das vilas principais as guerras no passado foram aumentando, se não seus países morreriam de fome e os países menores acabavam sendo receptaculo das guerras, cada guerra fazia os países menorem cairem mais e mais até que as Cinco Grandes Nações se estabilizaram, mas deixaram as outros países extremamente fracos e pobres. Pein então fala que ele e Naruto são iguais e possuem as mesmas ideias, mesmo em circustancias diferentes e diz que do mesmo jeito que usou a justiça para destruir Konoha, Naruto quer usar essa justiça para mata-lo. Naruto fica extremamente inerte ouvindo tudo, Pein fala que ambos sentem a mesma dor e os mesmos possuem suas proprias ideias do que são justiça, mas a justiça de ambos se transforma em vingança oque a torna maligna e se torna uma corrente de ódio, sabendo disso os ditos ninjas podem ver o passado e predizer o futuro, Pein se lembra então de quando seus pais foram mortos e diz que o unico jeito de se compreender, é que as pessoas do mundo ninja jamais vão entender esse pensamento. Pein então pergunta se Naruto pode encarar o Odio para se construir a paz, Naruto não responde e Pein insiste e quer ouvir sua resposta. Naruto então fala que não sabe oque dizer. Nagato revela por Pein que ele foi o verdadeiro fundador da Akatsuki e só a criou para acabar com o ódio, mas para isso ele precisa dos Nove Bijuus para poder destruir um país inteiro em menos de um instante, Naruto se assusta ao ouvir isso e Pein fala que somente depois do mundo todo conhecer a Dor e o Medo havera Paz, Naruto diz que isso é mentira pois a verdadeira paz não é isso, mas Pein fala que as pessoas são estremamente estupidas e se não fizer isso não havera nenhuma paz, pois mesmo depois da dor se curar os países voltaram a lutar e então Pein fala que dara sua arma aos países e só depois do verdadeiro holocausto de verem a dor pararam de guerrear. Naruto fica estremamente horrorizado ao ouvir aquilo e no final do mangá, o verdadeiro corpo de Nagato finalmente se mostra estando totalmente preso a uma espécie de maquina que transmite seu chakra para Pein Círculo de Deus na mais alta montanha de Konohagakure no Sato dizendo que só assim que seu desejo for feito todos conheceram a paz através da Dor, Nagato então começa a tossir sangue por usar demais seu chakra e Konan pede para ele não exagerar. que consegue ver a Paz se aproximando.
As Nove Caudas se Soltam
Pein então retruca Naruto dizendo que sua paz não é uma mentira, Naruto então se lembra dos tempos que passou com Jiraiya e fala o mesmo que seu sensei, que ele acredita que um dia todos iram se entender, Pein debocha Naruto, dizendo que a única coisa que Naruto faz é falar e nada mais, ele então enfia varias estacas negras em diversas partes do corpo de Naruto e fala que a morte dele trara a paz, Naruto sente o chakra de Pein em seu corpo e tenta se mexer, mas é inutil pois Pein acertou todos os pontos necessarios para se mover. Quando Naruto está para ser capturado definitivamente por Pein, surge Hyuuga Hinata que tenta acerta-lo, mas Pein se desvia e se admira vendo o reforço. Naruto, desesperado, manda Hinata sair de perto e fugir, que ela não vé pareo para Pein. Hinata então, diz que não saira dali, ela revela então que sempre quis superar Naruto, mas na realidade só queria estar com ele e ela não liga de morrer por Naruto porque o ama, fazendo este fica surpreso. Hinata então parte para o ataque, mas Pein desvia de alguns golpes e qunado Hinata ia acerta-lo com seu taijutsu maximo: Juho Shoshiken, Pein usa novamente o Shinra Tensei com potência quase maxima e esmaga Hinata no chão, ela acaba desmaiando e Pein finaliza ela com um corte na garganta, Naruto manda ele parar e Pein se afasta do corpo de Hinata, Pein então diz que isso o faz lembrar de quando seus pais foram mortos por ninjas de Konoha e diz que quand a corrente do amor vira ódio a pessoa conhecera a Dor, Naruto vendo Hinata caida entra numa furia nunca antes vista por sentir uma emoção que jamais teve e libera uma imensa quantidade de chakra da Kyuubi se transformando na mini-kyuubi com quatro caudas, Pein pergunta se Naruto o odeia e este libera mais duas caudas ficando com Seis Caudas fazendo aparecer o exoesqueleto da Kyuubi e se fixar em seu corpo, Pein tenta argumentar com Naruto só que a Kyuubi grita de furia, Pein então diz que embora a dor de Naruto seja grande, a dele é maior que a do próprio Naruto. Naruto-Kyuubi começa a enlouquecer devido o Kyuubi no Fuuin aplicado por Yamato impede ele de se mover devido as inúmeras cordas imensas de chakra branco vindo de seu pescoço, Pein olha aquilo surpreso, mas a Kyuubi(e o proprio Naruto) querem ver Pein morto e então a Kyuubi agarra o colar do Shodaime Hokage de Naruto e o destroi terminando com o jutsu. Naruto-Kyuubi ataca Pein, e este usa seu Shinra Tensei para se proteger, porém a Kyuubi fixa suas quatro caudas no chão e começa a intensificar sua energia gigantesca rindo de Pein, fazendo o Shinra Tensei ser refletido devolta para Pein, jogando-o longe, Pein percebe que a Kyuubi já coneche seus movimentos. Naruto-Kyuubi começa a formar um gigantesco Bijuu Rasengan, mas Pain então usa seu Banshou Ten'in e atrai Naruto, porém a Kyuubi mira seu golpe e atinge Pein quase que em cheio destruido outra parte de Konoha. Pein se levanta dos destroços totalmente ferido e vê a Kyuubi se levantar novamente sem nenhum arranhão, Pein se impressiona vendo que o poder da Kyuubi é incrível. Pein percebe que se continuar lutando ira perder pois o poder da Kyuubi é imensamente grande e então começa a afastar Naruto para longe da vila, Nagato então vendo que o Círculo de Deus esta perto o suficiente, através de Pein, ele da início a sua técnica secreta Chibaku Tensei.
